La Laguna di Mistras si trova nel territorio del comune di Cabras, in provincia di Oristano, nella regione storica del Sinis.Questa zona umida si affaccia nel Golfo di Oristano, confinando a nord con lo Stagno di Cabras, da cui risulta separata da un cordone sabbioso. La laguna risulta quindi compresa tra Capo S. Marco e S. Giovanni di Sinis a sud-ovest e il litorale di Torre Grande a est.
La sua superficie complessiva è di circa 450 ettari, tuttavia, solo 250 ettari sono coperti permanentemente dall’acqua.Dal punto di vista geomorfologico, l’origine della laguna è collegata all’emersione di alcuni cordoni sabbiosi. Questi hanno racchiuso tratti di mare durante i processi della “Trasgressione versiliana”, avvenuta 6500 anni fa.
La laguna è oggi collegata al mare attraverso una bocca, larga circa 300 metri, che permette il ricambio tra l’acqua dolce e l’acqua salata.